Руководитель

Пермикин Жан Викторович – к.м.н., ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики и бактериологии УГМУ.

ОБЪЕКТ И ПРЕДМЕТ ИССЛЕДОВАНИЙ

Объект — острый лимфобластный лейкоз у детей. Предметом исследования являются генетические детерминанты ОЛЛ у детей.

ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ ЛАБОРАТОРИИ

Цель — разработка системы оценки гетерогенности ОЛЛ у детей с целью улучшения результатов терапии и снижения токсичности терапии. Задачи работы:

• 1. BCR::ABL1-подобный ОЛЛ
• Сравнение величины экспрессии генов тирозинкиназ в контрольной группе и у пациентов с ОЛЛ
• Расчет диагностической эффективности для комбинаций выбранных тирозинкиназ.
• Разработка алгоритма диагностики BCR::ABL1-подобного ОЛЛ у детей методом ПЦР-РВ.
• Выборка пациентов с BCR::ABL1-подобным ОЛЛ.
• Исследование мутационного статуса большого набора генов тирозинкиназ методом флуоресцентной гибридизации in situ в опухолевых клетках.
• Исследование транскриптома опухолевых клеток методом секвенирования нового поколения.
• Определение глубокой молекулярно-генетической характеристики опухолевых клеток при BCR::ABL1-подобном ОЛЛ у детей.
• Выбор перспективных молекулярных мишеней для таргетной терапии BCR::ABL1-подобного ОЛЛ.
• Оценка прогностического значения BCR::ABL1-подобного ОЛЛ в контексте российских мультицентровых исследовательских протоколов ALL-MB 2008 и ALL-MB 2015.
• 1 статья в журнале Q1-Q2.
  2. Генетические подгруппы младенческого ОЛЛ с перестройками NUT1M и PAX5
• Выборка подгруппы пациентов младше 1 года с ОЛЛ без рекуррентных хромосомных аберраций
• Исследование состояния генов NUT1M и PAX5 методом флуоресцентной гибридизации in situ среди пациентов с ОЛЛ в возрасте младше 1 года.
• Разработка алгоритма диагностики перестроек генов NUT1M и PAX5.
• 1 статья в журнале Q1-Q2
  3. Транскрипционные факторы при ВП-ОЛЛ
• Определение изменений числа копий генов В-клеточных факторов транскрипции у пациентов с ОЛЛ методом множественной лигазно-зависимой амплификации зондов.
• Оценка прогностического значения выявленных мутаций в контексте российских мультицентровых исследовательских протоколов ALL-MB 2008 и ALL-MB 2015.
  4. ETV6::RUNX1-подобный ОЛЛ
• Оценка результатов определения минимальной остаточной болезни методом проточной цитометрии при ETV6-RUNX1 позитивном ОЛЛ.
• Оценка результатов определения минимальной остаточной болезни методом ПЦР-РВ при ETV6-RUNX1 позитивном ОЛЛ.
• Оценка прогностического значения различных уровней cut-off для определения позитивного результата определения минимальной остаточной болезни
• Сравнение результатов, анализ полученных данных.
• 1 статья в журналах ядра РИНЦ
• Исследование широкого набора антигенов опухолевых клеток методом проточной цитометрии в большой выборке пациентов.
• Поиск отдельных антигенов и их комбинаций, ассоциированных с наличием ETV6-RUNX1.
• Оценка возможности прогнозирования наличия ETV6-RUNX1 позитивного ОЛЛ на основании экспрессии мембранных антигенов опухолевыми клетками.
• Защита диссертации на соискание ученой степени к.м.н.
• Исследование транскриптома опухолевых клеток методом секвенирования нового поколения у пациентов с ОЛЛ.
• Выявление подгруппы с профилем экспрессии генов, подобным ETV6-RUNX1.
• Исследования профиля экспрессии антигенов на поверхности опухолевых клеток при ETV6-RUNX1 подобном ОЛЛ.
• Получение молекулярно-генетической и иммунологической характеристики ETV6-RUNX1 подобного ОЛЛ.
• Оценка возможности прогнозирования ETV6-RUNX1 подобного ОЛЛ с помощью метода проточной цитометрии.
• 1 статья в журнале Q1-Q2

Предполагаемые результаты:

1. Получена молекулярная и иммунологическая характеристики следующих молекулярных подгрупп ОЛЛ у детей — BCR::ABL1-подобного, ETV6::RUNX1-подобного, ОЛЛ с перестройками NUTM1, ОЛЛ с изменениями числа копий генов В-клеточных факторов транскрипции.
2. Получены алгоритмы диагностики и оценена прогностическая роль вышеперечисленных молекулярных подгрупп.

В ходе выполнения работы уже получены следующие научные результаты:

1) Разработан алгоритм диагностики BCR::ABL1-подобного острого лимфобластного лейкоза у детей c использованием метода ПЦР в режиме реального времени.
2) Разработан алгоритм диагностики ОЛЛ с перестройками гена NUTM1.
3) Определена прогностическая роль перестроек гена NUTM1 в группе детей младше 1 года.
4) Определена иммунофенотипическая характеристика пациентов с ОЛЛ с наличием химерного гена ETV6::RUNX1.
5) Впервые в РФ определена возможность прогнозирования наличия транслокации t(12;21)(p13;q22) при ОЛЛ методом проточной цитометрии.
6) Опубликовано 4 статьи в журналах Q1-Q2.

Партнеры:

НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева
Основное МТО, задействованное в данном проекте:
1. Секвенатор нового поколения MiSeqDx (Illumina, США).
2. Проточный цитофлуориметр CytoFLEX (Beckman Coulter, США).
3. Проточный клеточный сортировщик FACSAriaII (BD Biosciencies, США).
4. Микроскоп Leica DM6000B с системой для автоматизированного цитогенетического анализа Leica CytoVision (Leica, Германия).