Кафедру вечернего отделения возглавил профессор Василий Константинович Шамарин, работавший одновременно заведующим хирургическим отделением № 3 Свердловской городской клинической больницы, имевший 30-летний стаж практической работы, а также педагогический опыт работы в госпитальной хирургической клинике проф. С.П. Федорова Петербургской военно-медицинской академии. Именно Василий Константинович в 1920-1924 годах явился организатором и первым заведующим кафедрами оперативной и факультетской хирургии медицинского факультета Уральского государственного университета до его перевода в г. Пермь.

Базой кафедры факультетской хирургии вечернего отделения стала третья городская клиническая больница, главный врач которой Демьянов Аврамий Федорович — интересной судьбы человек — еще в 1933 году приказом по институту №160 от 25/у-1933 года был назначен штатным ассистентом факультетской хирургической клиники (по совместительству) с поручением организовать хирургическую клинику СГМИ.

В штате кафедры вечернего отделения изначально было 3 человека: заведующий – проф. В.К. Шамарин, ассистенты – А.Ф. Демьянов и А.В. Шапатин (с 01.02.1936. – Г.А. Колчанов).

В 1937 году кафедра была расформирована в связи с ликвидацией в институте вечернего отделения.

Кафедру факультетской хирургии дневного отделения организовал и возглавил проф. Лев Моисеевич Ратнер (приказ по институту №84 от 13/IХ-1934 г.) — высокоэрудированный человек, большой ученый, основоположник онкологии на Урале, длительное время возглавляющий это научное направление в г. Свердловске и широко известный своими трудами в области онкологии как в нашей стране, так и за рубежом. Л.М. Ратнер – организатор, первый и бессменный (с 1930 по 1952 гг.) научный руководитель онкологической клиники Уральского областного физиотерапевтического института (Свердловский НИИ курортологии и физиотерапии), в 1948-1951 гг. преобразованной в областной онкологический диспансер. Под его руководством в Свердловске в 1932 году начал работу филиал Центрального института переливания крови, а Лев Моисеевич явился инициатором внедрения этого метода лечения на Урале. Профессор Л.М. Ратнер — организатор, первый и бессменный в течение 25 лет руководитель научного общества хирургов г. Свердловска и области, ведущий хирург эвакогоспиталей Уральского военного округа в годы Великой Отечественной войны, автор 62 печатных работ и 3 монографий по различным вопросам онкологии и хирургии, научный консультант 9 докторских и руководитель 26 кандидатских диссертаций, редактор ряда сборников научных работ.

Первой базой кафедры факультетской хирургии дневного отделения (1934-1940 гг.) была онкологическая клиника Свердловского областного физиотерапевтического института, включавшая всего 30 коек. В 1949 году кафедра была перемещена в Третью клиническую больницу (с 1948 г. – областная клиническая больница №1) и располагалась на этой базе до 1976 года.

Штат кафедры в год основания состоял из 4 человек: заведующий проф. Л.М. Ратнер, ассистенты – С.Ф. Виткин, С.Д. Нарбутовский, ординатор – Ф.М. Гаврилов.

Уже в годы своего становления коллектив кафедры наряду с большой педагогической и лечебной работой начал активную научную деятельность. В довоенные годы на кафедре было выполнено 8 кандидатских диссертаций (А.Н. Лебедевой, С.Ф. Виткина, М.С. Шульмана, Ф.Л. Гехтина, М.П. Горюновой, Я.А. Нафтольева, А.В. Шапатина, А.Н. Скобуновой). Ряд научных работ сотрудников кафедры был опубликован в выходивших под редакцией проф. Л.М. Ратнера сборниках «Проблемы онкологии», «Вопросы онкологии» и др.

С началом Великой Отечественной войны условия работы на кафедре значительно усложнились. В боях за Родину погибли доцент С.Ф. Виткин и ассистент Ш.Э. Яворский. Увеличилась лечебная нагрузка на оставшихся в клинике сотрудников, которые активно включились в работу в госпиталях г. Свердловска, ставшего в годы войны основной тыловой базой страны.

В трудных условиях военного времени коллектив кафедры продолжал плодотворно работать по подготовке врачебных и научных кадров. В этот период на кафедре были выполнены 4 кандидатских диссертаций (Ф.М. Гаврилов, И.Н. Назаров, А.И. Богатов, Л.М. Протолинская).

Особенно плодотворным в научном отношении явился период с 1945 по 1952 годы, когда сотрудниками кафедры, областной больницы и онкологической клиники Свердловского НИИ физических методов лечения: проф. Л.М. Ратнером и его сотрудниками было выполнено 10 докторских (А.Н. Лебедева, А.Н. Скобунова, М.П. Горюнова, И.Б. Олешкевич, М.С. Шульман, С.А. Покровский, И.Д. Корабельников, Ф.Л. Гектин, Э.М. Сенкевич) и 14 кандидатских диссертаций (Г.П. Гильберт, О.М. Веденина, И.И. Копылова, Р.Я. Шиперова, М.В. Шадрина, А.И. Кавтрева, Н.У. Хайновский, В.К. Климова, С.А. Суторихина, Н.П. Кожевникова, В.М. Лумпова, А.И. Мезенцев, К.Я. Чупракова, Е.А. Евстюхина), часть которых была защищена в 1953-1956 годах. В этот период в связи с увеличением числа студентов вырос и численный состав коллектива кафедры. Если в момент ее основания штат состоял из 4 человек, то теперь на кафедре работало уже 9 преподавателей: проф. Л.М. Ратнер, доценты Ф.Л. Гектин, и А.Н. Скобунова, ассистенты А.И. Кавтрева, Л.М.Протолинская, Э.М. Сенкевич, Н.В. Соколов, Н.У. Хайновский, М.В. Шадрина.

В 1951 году проф. Л.М. Ратнер был отстранен от практической деятельности в рамках печально знаменитого «дела врачей».

В 1951 году заведующим кафедрой был избран проф. Михаил Герасимович Зайцев — человек большой души, обладавший незаурядными способностями организатора, много сделавший по совершенствованию учебного процесса на кафедре и положивший в клинике начало изучению вопросов краевой патологии. Преждевременная смерть в 1954 г. помешала ему осуществить многое из задуманного.

С 1954 по 1969 годы кафедру возглавляла проф. Валентина Федоровна Колосовская, под руководством которой на кафедре продолжили разрабатываться вопросы онкологии, урологии, хирургии желудка, дальнейшее развитие получило изучение патологии и хирургии щитовидной железы. Под руководством В.Ф. Колосовской выполнено 4 докторских (М.А.Азина, начинавшая работу под руководством проф. М.Г. Зайцева, В.М. Близнюк, Ю.М. Михайлов, Г.К. Курчавов) и 11 кандидатских диссертаций (В.М. Близнюк, Ю.М. Михайлов, И.П. Гунсагина, Е.А. Жуков, К.Н. Буткина, В.А. Харитонова, К.А. Брагин, В.З. Бланкледер, П.В.Шабуров, Д.А. Астафьев, Г.В. Таширов, защитивший работу в 1970 году), выпущено 4 сборника научных работ. С 1947 по 1951 годы В.Ф. Колосовская была депутатом Верховного Совета РСФСР – высшего законодательного органа республики.

В 1961 году в связи с началом исследований по роли гипофиз-адреналовой системы в устойчивости организма к операционной травме (доц. Ю.М. Михайлов) в клинике было начато определение экскреции метаболитов кортикальных гормонов (лаборант кафедры М.С. Мартьянова), была организована одна из первых в г. Свердловске гормональная лаборатория. В развитие этой лаборатории много труда вложил асс. Д.А. Астафьев, приступавший в то время к выполнению кандидатской диссертации. 1961 г. можно считать годом формирования на Урале новой клинической дисциплины – эндокринологии.

С января 1963 года кафедра начала базироваться в двух больницах: в дополнение к Свердловской областной больнице №1 базой кафедры стало хирургическое отделение ГКБ № 32 с коечным фондом в 65 коек, которым начал заведовать доц. Ю.М. Михайлов.

В 1966 году Юрий Михайлович Михайлов защитил докторскую диссертацию и с 1969 возглавил кафедру факультетской хирургии после ухода проф. В.Ф. Колосовской на пенсию. В этот период четко определилась эндокринологическая направленность научной проблематики кафедры, в разработку которой Ю.М. Михайлов вложил огромный труд и время.

В 1976 году кафедра была передислоцирована в Свердловскую ГКБ № 27 с 120 хирургическими койками, а также получила в качестве филиала эндокринологическое отделение вновь построенной Свердловской ГКБ № 40 , на базе которого по инициативе и при активном участии проф. Ю.М. Михайлова, в г. Свердловске был создан единственный в своем роде в СССР центр специализированной медицинской помощи больным с эндокринной патологией. В СГМИ был размещен впервые созданный в СССР самостоятельный курс эндокринологии. Проф. Ю.М. Михайлов стал и был до дня безвременной кончины научным руководителем этого центра, с 1977 года став заведующим курсом эндокринологии.

Ю.М. Михайлов – автор более 70 печатных работ, в том числе двух монографий, руководитель четырех кандидатских диссертаций (М.К. Ибрагимов, М.Н. Димова, В.В. Иванов, И.И. Шихсаидов). В период его руководства кафедрой кроме того защитили кандидатские диссертации работавшие на кафедре ассистенты В.Г. Васильков и С.Е. Вогулкин (отец Сергий), выполнявшие работы под руководством профессоров Э.К.Николаева и М.С. Савичевского. Под редакцией проф. Ю.М. Михайлова в 1972 году был издан сборник научных работ «Вопросы применения кортикостероидов в клинике». Ю.М. Михайлов в течение ряда лет был проректором института по учебной работе, председателем областного, членом правления Всесоюзного и членом Президиума правления Всероссийского общества эндокринологов, членов проблемной комиссии по эндокринологии МЗ РСФСР.

В 1978 году заведующим кафедрой избран проф. Виктор Андреевич Козлов, возглавлявший ее до момента реорганизации в 2004 г. В.А. Козловым предложено, разработан и впервые внедрен в клиническую практику ряд оригинальных методов диагностики и хирургического лечения заболеваний органов пищеварения, в частности, реография поджелудочной железы, операция абдоминизации железы, ее локальная гипотермия через сальниковую сумку, вмешательства на внеорганных сосудах железы. Им предложен метод этапных программированных санаций сальниковой сумки через бурсооментостому при некротическом панкреатите. Многие из этих методов широко применяются не только в клиниках России, но и за рубежом. В.А. Козлов является автором монографии «Абдоминизация поджелудочной железы, бурсооментоскопия и локальная гипотермия в лечении острого панкреатита» (1988 г.). За разработку методов лечения заболеваний поджелудочной железы В.А. Козлов удостоен Государственной премии СССР 1978 г.

Под руководством В.А. Козлова за сравнительно короткий срок была освоена новая клиническая база, проведена большая работа по формированию ее практического и научного профиля, по материально-техническому оснащению клиники современным оборудованием. Можно без преувеличения сказать, что клиника факультетской хирургии, перебазировавшись в 1978 году во вновь выстроенный хирургический корпус Свердловской ГКБ № 27 (с 1990 — ЦГКБ № 1), стала одним из наиболее крупных лечебных учреждений города. Кафедра являлась организатором и вдохновителем клинической работы на базе. Большую роль в организации клинической работы, в воспитании молодых хирургов играл доцент кафедры В.В. Иванов, более 20 лет возглавлявший хирургическую службу ЦГКБ № 1 В ней сформировался коллектив высококвалифицированных хирургов, что до сих позволяет обеспечивать оказание ежедневной круглосуточной квалифицированной неотложной хирургической помощи прикрепленному населению Екатеринбурга. В.А. Козловым впервые в Свердловске выполнена диагностическая лапароскопия, трансдуоденальная папиллосфинктеропластика, резекция поджелудочной железы и панкреатэктомия.

Основные усилия деятельности клиники направлены на разработку перспективных проблем абдоминальной хирургии. Научные интересы сотрудников клиники в этот период охватывают актуальные вопросы хирургии язвенной болезни (кандидатские диссертации В.П. Попова, А.И. Никифорова, В.И. Овчинникова, А.В. Столина, И.В. Зеленцова), печени и внепеченочных желчных путей (к.м.н. М.И. Прудков, к.м.н. М.В. Лагунов, к.м.н. Д.В. Айрапетов, к.м.н. А.Ю. Прокопов, к.м.н. З.И Эйдлин), поджелудочной железы (к.м.н. В.И. Стародубов, к.м.н. С.А. Чернядьев, к.б.н. Л.А. Хоменко, к.м.н. Е.Б. Головко) герниологии (к.м.н. Н.А. Антропова, к.м.н. М.А.Р убинов), хирургической инфекции (к.м.н. А.В. Шарипов). Особое внимание в этот период уделяется изучению криохирургии. Криовоздействие по предложенным В.А. Козловым технологиям используется при лечении больных с хроническими облитерирующими заболеваниями сосудов (кандидатская диссертация Д.А. Бабушкина), хирургической инфекции (к.м.н. А.Г. Макарочкин), острой кишечной непроходимости (к.м.н. А.В. Чернов), желудочных кровотечений (к.м.н. О.А. Виноградов), гинекологической патологией (к.м.н. А.В. Шакмаков). В связи с перспективностью криохирургических методов лечения на базе кафедры в 1999 г. была создана лаборатория медицинского инструментария и криотехнологий Института физики Уральского отделения РАН. Результаты большинства перечисленных выше работ неоднократно докладывались на конференциях и съездах различных уровней.