Система менеджмента качества (СМК) Университета внедрена и успешно развивается с 2007 г. В настоящее время создана инновационная модель управления, включающая студенческий орган по качеству образования — Совет студентов, ординаторов и аспирантов, что подтверждено Патентом РФ на промышленный образец № 107507 Схема «Организационная структура системы менеджмента качества». Дата государственной регистрации 23 марта 2018 г.

Студенческий совет по качеству образования получил признание на российском уровне, участвуя и побеждая в конкурсах Министерства здравоохранения России, Министерства образования и науки РФ, начиная с 2014 г.

Главными ценностями системы качества являются высокий уровень компетентности и вовлечения научно-педагогических работников, обучающихся, в процессы гарантии качества образования. На кафедрах и факультетах лидерами улучшений являются ответственные за качество менеджеры, которые, вместе со студентами, проводят мониторинговые исследования, публикуют статьи, разрабатывают и реализуют масштабную проектную деятельность.

Большую работу по установлению соответствия системы качества запланированным мероприятиям, включая соответствие разрабатываемых образовательных программ установленным требованиям, проводит группа сертифицированных внутренних аудиторов. Самооценка деятельности как структурированный подход, средство периодического измерения успехов и включения в процесс улучшения присутствует в документации СМК (Документированных процедурах, Информационных картах процессов, мониторинге), предшествует проведению аудитов и постоянно отслеживается на Совете по качеству.

В Университете создаются условия для повышения личной ответственности за результаты труда, инноваций и проявления творческой инициативы. В арсенале эффективных организационных моделей в области качества образования:
«Европейская Неделя Качества в УГМУ»;
Всероссийский Форум медицинских и фармацевтических ОО ВО «За качественное образование»;
научно-практическая конференция «От качества медицинского образования – к качеству медицинской помощи».

Отдел менеджмента качества Учебно-методического управления в соответствии с задачами и перспективами развития университетов продвигает проектные методы. Наиболее результативными стали студенческие проекты «Врач-исследователь», «Лучшая кафедра глазами студента», а также конкурсы Всероссийских проектов, получившие поддержку Минздрава России, «Качество образования – моя ответственность» и Стартап-сессия «Профессии медицины будущего».

СМК Университета и стоматологической поликлиники имеет Сертификаты на соответствие международным стандартам серии ISO (выданы Центром сертификации систем управления, Хорватия), которые подтверждают, что ФГБОУ ВО УГМУ Минздрава России применяет СМК в образовательных программах высшего и дополнительного образования, научных исследованиях и инновациях, в оказании стоматологических услуг и ортодонтии.